Chăn nuôi Việt Nam vẫn tồn tại nhiều hạn chế như hệ thống sản xuất chưa đồng bộ, khâu liên kết chuỗi từ sản xuất đến tiêu thụ sản phẩm vẫn là vấn đề lớn, cản trở bước tiến của ngành chăn nuôi với ba vấn đề lớn là giá thành sản phẩm, thương hiệu sản phẩm và xúc tiến thương mại, quảng bá sản phẩm, giá gia cầm trong nước vẫn cao hơn các nước trong khu vực khoảng từ 17-18%, ở Việt Nam đã có một số thương hiệu, chỉ dẫn địa lý, tuy nhiên quy mô, diện tích vùng của sản phẩm chưa lớn, ở Việt Nam công tác xúc tiến thương mại chưa đầy đủ, dù sản xuất được sản phẩm tốt, ngon, đẹp nhưng ít người biết đến, nhiều người không ăn, ít người xem vì vậy mà khó tiêu thụ sản phẩm[4].

Nhược điểm của ngành chăn nuôi Việt Nam là giá thành cao, do thức ăn chăn nuôi phải nhập khẩu với tỷ trọng lớn. Chỉ trong 7 tháng tính từ đầu năm 2015, Việt Nam đã nhập khẩu khoảng 4,1 tỷ USD thức ăn chăn nuôi và nguyên liệu. Ngoài ra phần lớn quy mô chăn nuôi gia đình là quá nhỏ bé, không áp dụng được công nghệ hiện đại và khó bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm. Năng suất chăn nuôi ở Việt Nam chỉ bằng 25% đến 30% của thế giới, so sánh với Mỹ thì chỉ bằng 30%. Tất cả những nguyên vật liệu cơ bản như bắp, đậu nành là hai nguyên liệu chính sản xuất thức ăn chăn nuôi thì đều nhập khẩu từ nước ngoài (chủ yếu từ Mỹ và Nam Mỹ) dẫn tới giá thành rất cao. Ngoài ra con giống cũng phải nhập khẩu, những chất phụ gia thuốc thú y cũng đều nhập khẩu nên giá thành chăn nuôi Việt Nam gần như cao nhất thế giới[6]. Chỉ một số ít người nuôi heo theo phương thức VAC vườn ao chuồng kết hợp trồng trọt, nuôi thủy sản và nuôi heo thì mới có thể có giá thành cạnh tranh. Còn nuôi gà sẽ chỉ tồn tại những trại nuôi gà ta, gà đồi, gà tam hoàng không phải cạnh tranh sản phẩm ngoại nhập.

Ngoài ra xu hướng nuôi gia công cho công ty nước ngoài là có vì người nuôi gà muốn tồn tại sẽ phải liên kết với các công ty lớn và đầu tư trại nuôi hiện đại sử dụng công nghệ tin học, thực tế hiện nay gần như tất cả ngành chăn nuôi gà ở Việt Nam nằm trong tay các doanh nghiệp đầu tư nước ngoài do đó gây ra quan điểm, đặt ra vấn đề ngươi tiêu dùng ăn thịt gà nhập khẩu từ Mỹ với giá rẻ, hay ăn thịt gà giá đắt tại Việt Nam mà do các doanh nghiệp đầu tư nước ngoài đang sản xuất, điều này tương đồng, và nên ăn thịt gà Mỹ giá rẻ thì tốt hơn[6]. Công tác phát triển giống heo của Việt Nam hiện nay được thả nổi cho các chủ trang trại lớn và các công ty nước ngoài. Những đơn vị này định đoạt và khống chế thị trường với mục đích chính là trục lợi thay vì hướng tới tạo ra những con heo giống có thể trạng tốt, nhiều trại heo cũng bị bệnh triền miên và hiệu quả kinh tế kém. Trong những năm gần đây, Việt Nam xuất hiện một loại mô hình cơ cấu kinh tế thương mại là nhóm công ty độc quyền (Obligopoly) là chỉ có một vài công ty lớn thống trị thị trường từ khâu chế biến sản xuất và phân phối từ đó thao túng thị trường chăn nuôi.

Ở Việt Nam, theo dự kiến, quỹ đất dành cho cây trồng làm thức ăn chăn nuôi sẽ tăng lên đến 100.000 ha năm 2015 và 300.000 ha năm 2020, trên thực tế, quá trình chuyển đổi này diễn ra rất chậm chạp[2]. Thống kê cho biết sản lượng thịt xẻ của ngành chăn nuôi Việt Nam năm 2014 vào khoảng 2.628.000 tấn thịt lợn, 5.351.6.000 tấn thịt gà và 119.000 tấn thịt bò. Nếu so con số này với mức ước tính tổng tiêu thụ nội địa năm 2014 là 3.034.000 tấn, trong đó 2.035.000 tấn thịt lợn, 703.000 tấn thịt gà và 296.000 tấn thịt bò, thì có thể thấy rằng, sản xuất chăn nuôi trong nước không đáp ứng được nhu cầu nội địa, dẫn đến nhập từ nước ngoài.

Để giảm giá thành sản xuất, một số nhà chăn nuôi dùng chất cấm để tạo nạc và dùng kháng sinh để ngừa bệnh và tăng trọng trong giai đoạn cuối (xuất chuồng). Ở Việt Nam thường xuyên có dịch bệnh vì tình trạng vệ sinh chuồng trại cũng như chất lượng con giống quá yếu kém. Sức đề kháng của vật nuôi yếu nên bệnh dịch rất dễ xâm nhập, thiếu khả năng vượt bệnh và lây lan nhanh chóng từ khu vực này qua khu vực khác như bệnh lở mồm long móng (FMD), bệnh tiêu chảy cấp tính của heo con (PED) và bệnh tai xanh (PRRS) là những bệnh đặc thù thường xảy ra ở Việt Nam trong nhiều năm qua và năm nào cũng có làm tổn hại rất lớn cho người chăn nuôi. Tình trạng dư thừa kháng sinh trong thực phẩm là một điều đáng quan ngại tại Việt Nam. Sử dụng kháng sinh và chất kích thích tăng trưởng vô tội vạ càng ngày càng tăng khó khăn cho những nhà chăn nuôi làm ăn chân chính. Người tiêu dùng sẽ e ngại khi sử dụng các sản phẩm từ thịt và thiệt hại cuối cùng thuộc về người chăn nuôi.

Hơn 50% các sản phẩm chăn nuôi của Việt Nam vẫn đến từ các mô hình sản xuất nhỏ, hộ cá thể. Việc chăn nuôi nông hộ quy mô nhỏ thường chịu rủi ro rất cao do không được kiểm soát và hỗ trợ cung cấp thông tin về dịch bện, giá cả, thiếu kỹ thuật chăn nuôi, thường chỉ dựa vào kinh nghiệm tích lũy và it được tập huấn, phổ biến các kiến thức, hướng dẫn mới về chăn nuôi, không có sự am hiểu cơ bản về vệ sinh an toàn thực phẩm, chăn nuôi tại Việt Nam theo cả phương thức trang trại và quy mô hộ gia đình vẫn chưa tạo được vùng hàng hóa tập trung, chưa chú trọng đến việc xây dựng quy trình sản xuất theo chuỗi để giảm chi phí, giá thành, nâng cao lợi nhuận, các trang trại của Việt Nam quy mô nhỏ, những tiêu chuẩn kỹ thuật về chuồng trại thiếu đồng bộ gây khó khăn cho việc vệ sinh, sát trùng, áp dụng các biện pháp vệ sinh an toàn sinh học trong phòng trị bệnh và không phù hợp cho việc áp dũng kỹ thuật tiên tiến trong quản lý chăm sóc theo đàn.

Thực tế, ngành chăn nuôi ở Việt Nam đã phải gặp nhiều khó khăn như rớt giá, bệnh dịch, sử dụng chất cấm và dư thừa kháng sinh, từ đó nhiều người chăn nuôi đã bị thua lỗ nặng nề phải bỏ nghề, dịch bệnh xảy ra liên miên từ năm này sang năm khác, môi trường chăn nuôi bị ô nhiễm, cuộc khủng hoảng trong ngành chăn nuôi Việt nam đã và đang xảy ra trên cả nước được xuất phát từ cả nguyên nhân chủ quan (người chăn nuôi) lẫn những nguyên nhân khách quan (cạnh tranh từ thịt nhập khẩu và sự quản lý yếu kém của các cơ quan chức năng) đã tồn tại trong ngành chăn nuôi trong một quá trình khá lâu dài mà ít người quan tâm đến. Sức tiêu thụ của thị trường trong nước là hạn chế, trong lúc năng lực chế biến, cấp đông còn rất khiêm tốn. Năng lực trữ đông lạnh hiện nay mới chỉ ở mức không đáng kể, không đủ để giải quyết được lượng thịt đang dư thừa, lượng thịt dư thừa trong thị trường là khoảng 200 ngàn tấn[5]

Riêng thịt lợn đang "khủng hoảng thừa" nghiêm trọng. Giá giảm thấp nhất từ trước đến nay tại Việt Nam, và cũng là thấp nhất trên thế giới, giá thịt lợn hơi nhiều nơi dưới 25.000 đồng/kg do nguồn cung thịt lợn quá lớn dẫn tới dư thừa, khâu chế biến trong nước còn rất yếu, trong nước chủ yếu bán thịt tươi, chưa có chế biến, bảo quản lâu dài. Giá trị gia tăng của thịt lợn không cao, khâu tổ chức thị trường kém. Thị trường tiêu thụ chủ yếu trong nước, xuất khẩu không đáng kể. Ngoài ra, việc quy hoạch các lò giết mổ trên cả nước có nhiều nhưng thực hiện rất yếu, chưa đạt hiệu quả để tăng cường giá trị gia tăng trong chuỗi. Ngoài ra, việc chăn nuôi diễn ra nhỏ lẻ trong dân nhiều, chưa có tổ chức quy mô lớn, tập trung, liên kết trong chuối yếu kém. Người chăn nuôi gặp nhiều rủi ro trước những biến động thị trường[8].